同年7月，卢旺达爱国阵线与邻国乌干达的军队反攻进入卢旺达首都基加利，击败了胡图族政府。200万胡图族人，其中一些屠杀参与者，由于害怕遭到图西族报复，逃到邻国布隆迪、坦桑尼亚、乌干达和扎伊尔（今刚果民主共和国）。数千人由于霍乱和痢疾死于难民营。
卢旺达为什么发生内战
16世纪，图西族人在卢旺达建立了封建王国。自19世纪中叶起，英国、德国、比利时等西方殖民势力相继入侵。1890年，卢旺达沦为“德属东非”保护地。1916年，比利时获得卢旺达的委任统治权。第二次世界大战结束以后，卢旺达成为联合国托管地，但仍由比利时统治。20世纪60年代以前，仅占人口10%—15%的图西族在卢旺达占据统治地位，88%的政府官员都是图西族人，并拥有绝大部分可耕地。1959年，卢旺达南部的胡图族农民开始反抗图西族贵族的统治并掌握政权，把土地重新分配给无地的人，许多图西族贵族逃到了邻近国家。
在大屠杀前的三年里，国家控制的媒体甚至把图西族人视同为国家的敌人，大力加以挞伐和煽动，引起图西族人的恐惧和仇恨。一家受到党政军多名要人支持的RTLM广播电台在大屠杀前九个月，宣传对图西族人的仇恨，甚至公开宣布须被处决的名单。
在1990年，由图西族难民组成的反政府集团-卢旺达爱国阵线从乌干达入侵至卢旺达北部，企图推翻由胡图族领导的政府。在卢旺达内战期间，非洲法语国家和法国支持胡图族，乌干达支持图西族。这加剧了卢旺达国内种族之间的紧张气氛。在卢旺达政府控制的媒体鼓吹下，许多胡图族人开始着迷于胡图族权利意识形态。
1990年，侨居在乌干达的图西族组织卢旺达爱国阵线（RPF）与有力胡图族政府军爆发内战。
